Nasce come Presidio Spagnolo in forza di una clausola del trattato di Londra del 1557, tramite la quale il reame iberico si era riservato la facoltà di fortificare una o più parti dell'Isola d'Elba.

Nel maggio del 1603, Filippo III, re di Spagna, occupò il golfo a levante della località di Capoliveri e ordinò la costruzione di una possente fortezza con pianta a forma di stella, atta a dominare da ogni parte l'insenatura.

L'elaborazione del progetto fu affidata a Don Garcia De Toledo, che prese a modello il Forte di Anversa.

Sorse in tal modo il primo nucleo di quell'abitato che, dalla sua forma, assunse lo deno¬minazione di "Lungone" poi Longone o Porto Longone.

La Monarchia spagnola riunì i territori occupati allo Stato dei Presidi, dipendente dal viceregno napoletano, attraverso il quale controllava le rotte tirreniche a metà strada tra i suoi possedimenti del mezzogiorno della penisola e quelli del settentrione. Nell'ottobre del 1646, truppe francesi ebbero ragione delle scarse forze spagnole che difendevano la fortezza e se ne impossessarono.

A distanza di quattro anni, i francesi furono sopraffatti dai soldati spagnoli e il golfo e la fortezza vennero restituiti alla Spagna.

A seguito del trattato di Utrecht, l'intero stato dei Presidi fu annesso al regno di Napoli; Porto Longone rimase a quest'ultimo finché nell'aprile del 1801, fu consegnato alle truppe napoleoniche, per passare poi nel 1814, a Napoleone "Sovrano" dell'Isola d'Elba.

Dopo il Congresso di Vienna nel 1815, tutti i territori dell'Elba furono riuniti al Granducato di Toscana. Dopo l'Unità, nel 1863, il Comune assunse la denominazione ufficiale di Porto Longone che conservò fino al 1947, anno in cui lo mutò in quella attuale di Porto Azzurro.